济宁医学院开设的专业有：生物制药、中药学、康复治疗学、临床医学(全科医学方向)、口腔医学、医学检验技术、护理学、精神医学、食品质量与安全、临床医学、临床医学、英语、生物工程、市场营销、医学信息工程等。济宁医学院专业设置一览表：

学校现有济宁太白湖校区、任城校区和日照校区，占地总面积115万平方米，建筑面积67万平方米，与济宁国家高新区共建教学科技园。

学校固定资产总值17.3亿元，其中教学科研仪器设备总值2.5亿元，馆藏图书总量为360余万册。

学校建有2所直属附属医院，16所非隶属附属医院，170余个实践教学基地。

济宁医学院附属医院为山东省区域医疗中心，固定资产总值20亿元，编制床位3100张，通过国际医院信息化（HIMSS）六级认证。

附属山东省精神卫生中心为山东省唯一一家省级三级甲等精神卫生专科医院，编制床位750张。

学校建有山东省医学院校唯一一个省高校司法鉴定中心，并通过国家实验认证和资质认定二合一评审。