1. 东京大学，QS 专排为42

东京大学（日语：東京大学／とうきょうだいがく；英语译名：The University of Tokyo），简称东大（とうだい），是日本一所国立大学，前身曾为大日本帝国首座旧制帝国大学。1877年，原“东京开成学校”与“东京医学校”合并为东京大学。东大是日本第一所现代大学，也是日本著名学府，校友包括8名诺贝尔奖得主、6名沃尔夫奖得主、若干菲尔兹奖、罗伯•柯霍奖暨盖尔德纳国际奖得主、16名首相、21名（帝国）国会议长等。

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2. 京都大学，QS 专排为65

京都大学（日语：京都大学／きょうとだいがく Kyouto daigaku；英语译名：Kyoto University），简称京大（きょうだい），是一所本部位于日本京都市左京区的国立研究型综合大学。京大前身是日本第2所旧制帝国大学－京都帝国大学（1897年），亦为京都学派的发祥地。迄2014年，京大相关人物有10人获得诺贝尔奖，其中6人为毕业生。现校友涵盖若干菲尔兹奖、沃尔夫奖、拉斯克奖、罗伯·柯霍奖、盖尔德纳国际奖以及Darwin Medal得主、2名日本首相以及4名芥川赏得主。

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3. 大阪大学，QS 专排为112

大阪大学（日语：大阪大学／おおさか だいがく Ōsaka daigaku；英语译名：Osaka University），简称阪大（はんだい；Handai），是一所本部位于日本大阪府的国立研究型综合大学。阪大前身是旧制帝国大学－大阪帝国大学（1931年），起源于1838年的兰学塾“适塾”。阪大在日本关西地区，是重要性仅次于京都大学的高等教育学府。其校友涵盖日本第一个诺贝尔奖、沃尔夫奖、拉斯克奖、克拉福德奖得主，以及若干盖尔德纳国际奖、日本国际奖得主。

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4. 东京医科牙科大学，QS 专排为128

东京医科牙科大学（日语：東京医科歯科大学、とうきょういかしかだいがく，英语： Tokyo Medical and Dental University）是位于日本东京都文京区的一所国立大学。成立于1946年。简称为医科牙科大、东京医牙大。是“旧六齿科大学”之一。 其牙医学部（齿学部）是日本最早成立的公立牙医学教育机构，在日本排名第一。 Nigel Ward 日本大学排名：第19名。

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5. 庆应义塾大学，QS 专排为165

庆应义塾大学（日语：慶應義塾大学／けいおうぎじゅくだいがく Keiō Gijuku daigaku；英语译名：Keio University），简称庆应（けいおう）或庆大（けいだい），乃日本名思想家福泽谕吉所创建的日本第一所私立大学，本部在东京都港区。

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6. 东北大学（日本），QS 专排为167

东北大学（日语：東北大学／とうほくだいがく Tōhoku daigaku；英语译名：Tohoku University），简称东北大，是一所本部位于日本东北地区仙台市的国立研究型综合大学。东北大前身是旧制帝国大学－东北帝国大学（1907年），起源于1736年的仙台藩藩校“明伦养贤堂”。 东北大是世界材料学中心，也是曾经接待爱因斯坦的物理学名校与光通信发祥之地。校友包括诺贝尔化学奖得主、拉斯克奖得主与日本第一个IEEE爱迪生奖章得主。知名留学生有文豪鲁迅以及复旦、台大、清华等中华圈名校的校长。

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7. 名古屋大学，QS 专排为201

名古屋大学（日语：名古屋大学／なごやだいがく Nagoya daigaku；英语译名：Nagoya University），简称名大，是一所本部位于日本爱知县名古屋市的国立研究型综合大学。名大前身是旧制帝国大学－名古屋帝国大学（1939年），目前拥有9个学部与13个研究科的规模。名大被誉为“日本版MIT”。迄2014年已有6人获得诺贝尔奖，其中5人为毕业生。

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8. 北海道大学，QS 专排为201

北海道大学（日语：北海道大学／ほっかいどうだいがく Hokkaidō daigaku；英语译名：Hokkaido University），简称北大（ほくだい；Hokudai）或海大，是一所位于日本北海道的国立研究型综合大学。北大前身是旧制帝国大学－北海道帝国大学（1918年），起源于1876年的“札幌农学校”。北大校友包括诺贝尔化学奖得主、罗伯·柯霍奖得主、3名芥川奖得主以及逾百名大学校长。

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9. 九州大学，QS 专排为201

九州大学（日语：九州大学／きゅうしゅうだいがく Kyūshū daigaku；英语译名：Kyushu University），简称九大（きゅうだい），是日本一所本部位于福冈县福冈市东区箱崎的国立研究型综合大学。九大前身是旧制帝国大学－九州帝国大学（1911年），起源于1867年的福冈藩医学校“赞生馆”。九大是全国首例导入“全学大学院重点化”制度的大学。

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10. 筑波大学，QS 专排为351

筑波大学（日语：筑波大学／つくばだいがく Tsukuba daigaku；英语译名：University of Tsukuba），是一所本部位于茨城县筑波市天王台1-1-1号的日本国立大学，也是结合筑波研究学园都市的新型大学，简称筑大（筑大つくだい）。前身为日本第一所师范学校“东京教育大学”。 筑大曾有3名教授获得诺贝尔奖。筑波校区占地258公顷，是日本面积最大的单一大学校园。

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11. 神户大学，QS 专排为351

神户大学（日语：神戸大学／こうべだいがく Kobe University），简称神大（しんだい）、神户大（こうべだい），是一所位于日本兵库县的国立大学。神大是声望仅次于旧帝国大学的旧三商大之一，是日本经营学大学院、商管学术期刊的发祥地。其校友涵盖日本首相、诺贝尔医学奖暨拉斯克奖得主、近30名国会议员等。

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12. 广岛大学，QS 专排为351

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13. 千叶大学，QS 专排为351

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14. 早稻田大学，QS 专排为401

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15. 熊本大学，QS 专排为401

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16. 长崎大学，QS 专排为401

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17. 大阪市立大学，QS 专排为451

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18. 藤田医科大学，QS 专排为501

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19. 金泽大学，QS 专排为501

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20. 冈山大学，QS 专排为501

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21. 新潟大学，QS 专排为551

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22. 德岛大学，QS 专排为551

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23. 东海大学（日本），QS 专排为551

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24. 群马大学，QS 专排为601

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25. 京畿大学，QS 专排为601

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26. 日本大学，QS 专排为651

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27. 鹿儿岛大学，QS 专排为651

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