亳州有两所正规大学，一是亳州学院。

是一所教育部批准设立的全日制普通本科院校，前身是亳州高等师范学校，2011年由蒙城搬到地级亳州市高新技术开发区。二是亳州职业技术学院。属于理工类全日制公办普通高等职业院校，前身是合肥工业大学亳州分校，也是安徽省唯一位于地级市的中医药现代化科研基地。