助理医师独立行医，如果是城市医院会收到相应处罚，如果没有造成后果可能只是行政处罚，比如责令整改，警告 罚款等。

如果造成后果那么按执业医师发规定可以吊销助理医师证，甚至会有司法处罚。如果在乡镇卫生院等农村基层医疗机构，有的地方当地条件有限，助理医师可以单独执业。