智能建造师证书的认证机构为中国建筑科学研究院认证中心。该机构隶属于中国建筑科学研究院，负责工程建筑领域的标准编写和制定，包括建筑、建筑工程设计、民用建筑工程、BIM技术、装配式工程等领域。智能建造师证书是由该认证中心颁发，并被国家认可，属于专业技术证书。