当建造师的证书被扣时，可以采取以下步骤处理：

了解原因

首先，需要明确证书被扣的具体原因。

沟通协调

与扣留证书的单位或个人进行沟通，了解具体情况，并表明自己的立场。

提供证明材料

根据被扣原因，准备相应的证明材料。

申请恢复证书

向扣留证书的单位或个人提出恢复证书的申请。

法律途径

如果协商无果，可以寻求法律帮助。

可以向劳动监察大队投诉，要求单位返还证书。

根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。

如果公司扣押了建造师证，可以向劳动行政部门投诉，要求退还。

如果公司扣押了建造师证，并且存在未支付工资等违法行为，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

补办或注销

如果无法取回证书，可以尝试到发证机构申请补办，同时注销原来的证件。

注销时需要说明原因，例如已从企业离职且企业未支付工资等。

其他注意事项

如果证书是单位出资考取的，需要查看当时与公司签订的协议条款。

如果证书还未注册到单位，可以到发证处申报丢失重办。

如果企业不配合，可以向劳动仲裁部门或法院申诉解除劳动关系，并提交相关证明材料进行申诉。

请根据具体情况选择合适的解决步骤，并考虑咨询专业律师获取更具体的法律建议。需要进一步帮助或有其他问题，请随时告知