这两个专业是完全不同的两个类别的，不能比较好坏，就业都不错，看你的兴趣了。

机械设计制造及其自动化是以机械设计和制造为主的，自动化只是其中的一个方向。这个专业涉及的内容很广，很多领域都能用到，需求量很大，所以就业不成问题。土木工程是土建类的。建筑学是设计建筑的外观及结构，土木工程就是把设计好的图纸变成实物，研究如何建造、用什么材料、什么方法等等。总之有人类就不会少了建筑，也不愁就业。