一、通关便利类制度创新

一是先进区，后报关，区内企业货物流转自行运输；二是批次进出，集中申报。从“一票一报”改为“多票一报”；三是简化无纸通关随附单证，简化统一进出境备案清单；四是智能化卡口验放；五是自动审放，重点复核：以企业信用为前提条件；六是“一站式”申报查验作业：海关、检验检疫、海事、边检等；七是商品易归类服务：搭建电子信息化平台。

二、保税监管类制度创新

一是加工贸易，工单式核销；二是保税展示交易，大宗商品现货市场保税交易；三是境内外维修：支持区内企业开展高技术、高附加值、无污染的境内外维修业务；四是期货保税交割：在区内开展以保税监管状态的货物作为期货交割标的物，实施期货实物交割，有利于形成我国大宗商品定价机制；五是引入中介辅助机构开展保税核查；六是离岸服务外包全程保税监管。

三、税收征管类制度创新

一是集中汇总纳税，内销选择性征税；二是融资租赁：建成国内一流的融资租赁特别功能区与金融创新实践区；三是仓储企业联网监管：海关实施“系统联网十库位管理十实时核注”的管理模式；四是自主报税，自助通关，自动验收，重点稽核。

四、执法规范类制度创新

一是海关执法清单式管理，两张清单包括行政权力清单和行政责任清单；二是归类行政裁定全国适用：一次裁定，全国适用。

五、企业管理类制度创新

一是企业注册登记改革，一区注册，多区经营；二是一次备案，多次使用：满足自贸区内企业保税加工、保税物流、保税服务等多元化业务需求；三是自贸区企业自律管理；四是企业信用信息公示，企业协调员试点；五是国际海关互认：建立与海关总署AE0国际互认联络员直通式联系通道。

六、制度创新的法律依据

制度创新是人们为了获取在现存制度结构内无法实现的潜在收益而对现存制度采取的突破性改革。《中国（湖南）自贸区总体方案》在法律上的约束力源自行政规定的法律地位。对国家规定实施准入特别管理措施之外的外商投资暂时调整相关法律规定的有关行政审批。两个方案，既然不是行政法规，也非部门规章或地方性政府规章，那方案只能冠以行政规范性文件的身份。