一般医科大学通常设有多个分院，这些分院的设置因学校而异。例如，中国医科大学就设有基础医学院、第一临床学院、第二临床学院、第四临床学院、口腔医学院、生命科学学院、公共卫生学院、法医学院、药学院、创新学院等分院。

每个分院都有其特定的教学和研究重点，如基础医学院主要负责医学的基础理论研究，临床医学院则侧重于疾病的诊断和治疗技能的培养。

此外，医科大学在学科门类上往往涵盖了医学、理学、工学、教育学等多个领域，具有丰富的学科交叉和融合的特色。